消費税と源泉税の関係について調べると、必ずヒットするのが国税庁HPタックスアンサー「No.6929 消費税等と源泉所得税及び復興特別所得税」です。
一部抜粋しますと…
概要
弁護士や税理士などに報酬を支払った場合には、所得税および復興特別所得税を源泉徴収することになっています。
この場合、源泉徴収の対象となる金額は、原則として、報酬・料金として支払った金額の全部、すなわち、消費税および地方消費税（以下「消費税等」といいます。）込みの金額が対象となります。
ただし、弁護士や税理士などからの請求書等に報酬・料金等の金額と消費税等の額とが明確に区分されている場合には、消費税等の額を除いた報酬・料金等の金額のみを源泉徴収の対象としても差し支えありません。
具体例
例えば、令和6年1月中の税理士からの請求書に、税理士報酬110,000円とだけ記載されていた場合には、源泉徴収税額は110,000円の10.21パーセント相当額である11,231円（1円未満切捨て）となります。
これに対して、税理士からの請求書に、税理士報酬100,000円、消費税等10,000円と記載されており、報酬金額と消費税等の額とが区分されている場合には、源泉徴収税額は税理士報酬100,000円の10.21パーセント相当額である10,210円となります。
といった内容です。
ご覧になったことがある方も多いのではと思います。
それでは、インボイス制度が導入された後、免税事業者に支払う報酬・料金等についてはどうなるのでしょうか？
実は、インボイス制度の導入に伴って、この国税庁HPタックスアンサー「No.6929 消費税等と源泉所得税及び復興特別所得税」に次のような追記がされているのです。
（注）適格請求書発行事業者以外の事業者が発行する請求書等において、報酬・料金等の額と消費税等の額が明確に区分されている場合には、その報酬・料金等の額のみを源泉徴収の対象とする金額として差し支えありません。
詳しくは、「インボイス制度開始後の報酬・料金等に対する源泉徴収（令和3年12月9日）」をご参照ください。
特に変わりはないので、これまでと同じように源泉処理すれば問題無さそうですね。
ちなみに、「インボイス制度開始後の報酬・料金等に対する源泉徴収（令和3年12月9日）」には下記のようなことが書かれています。
インボイス制度開始後の報酬・料金等に対する源泉徴収
令和3年12月9日
国税庁令和５年10月１日から消費税の仕入税額控除制度において適格請求書等保存方式（いわゆる「インボイス制度」）が開始されます。
インボイス制度開始後においても、平成元年１月30日付直法６－１「消費税法等の施行に伴う源泉所得税の取扱いについて」（法令解釈通達）（以下「本通達」といいます。）の「３ 報酬・料金等所得等に対する源泉徴収」の取扱いは、次のとおり変更ありませんので、ご留意ください。
１ 現行の取扱い（本通達３）
原稿料や弁護士報酬などの源泉徴収の対象となる報酬・料金等（所得税法第204条第１項）の中に消費税及び地方消費税の額（以下「消費税等の額」といいます。）が含まれている場合は、原則として、消費税等の額を含めた金額が源泉徴収の対象となります。
ただし、報酬・料金等の支払を受ける者からの『請求書等』において、報酬・料金等の額と消費税等の額が明確に区分されている場合には、その報酬・料金等の額のみを源泉徴収の対象とする金額として差し支えありません。
２ インボイス制度開始後の取扱い（現行の取扱いから変更なし）
インボイス制度開始後においても、上記１の『請求書等』とは、報酬・料金等の支払を受ける者が発行する請求書や納品書等であればよく、必ずしも適格請求書（インボイス）である必要はありませんので、適格請求書発行事業者以外の事業者が発行する請求書等において、報酬・料金等の額と消費税等の額が明確に区分されている場合には、その報酬・料金等の額のみを源泉徴収の対象とする金額として差し支えありません。
※ 所得税法第204条の規定が適用される報酬・料金等のほか、同法第212条の規定が適用されるものについても、上記と同様に取り扱われます。
こちらにも「インボイス制度開始後の取扱い（現行の取扱いから変更なし）」と堂々と書かれていますね！
